单病毒基因组以培养或自然样本中病毒为研究对象，先分离单个病毒颗粒并进行全基因组扩增，获取基因组序列信息后对病毒进行鉴定，并根据目标病毒的参考基因组情况配置相应的分析流程。
通过对病毒进行全基因组学测序分析，将很大程度上利于鉴定新发的传染病、开发快速检测试剂、开发疫苗、药物和推测传播途径。此外，对于提升我们对病毒多样性、适应性、生态学特性以及进化的理解具有重要意义。
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