转录组是功能基因的研究利器，利用转录组测序可以得到大量差异基因及调控网络，但是难以确定关键途径；代谢组是表型的直接体现者，利用代谢组学数据可以反映表型变化，但是无法解释影响表型的基因机理。利用转录组+代谢组的多组学分析，可以在不同层面对生物体进行研究，且不同组学的数据也起到了一个相互验证的作用，从而全面系统地解析复杂的生物过程。
转录组通过标准分析流程得到差异表达基因等分析结果，利用代谢组学可以得到差异代谢物及代谢通路富集结果。将差异基因和差异代谢物进行联合分析，并计算差异基因和差异代谢物的相关性，构建相关性网络，可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因，确定关键的调控通路。常规的联合分析内容主要包括相关性分析、KEGG通路分析、KEGG富集分析等内容。
联合分析优势
l 通过对不同层面的表达水平分析，弥补单一组学数据缺失，噪音干扰；
l 同时实现从“因”和“果”两个方向探究生物学问题，相互间的验证作用更明显，避免假阳性；
l 阐述分子调控-表型间的关联机制，系统全面地解析生物分子功能和调控机制；
l 从海量的数据中去伪存真，筛选出重点代谢通路或者基因、代谢产物进行后续深入实验分析与应用。
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