从生物学角度上看，mRNA水平代表了基因表达的中间状态，可推测蛋白质的潜在表达情况，而蛋白质是生命功能的直接执行体，对基因表达水平的度量有着直接且重要的作用，通过将转录组数据与蛋白质组数据结合起来进行分析，挖掘mRNA与蛋白的表达水平，利用两组学的差异性和互补性，对基因的表达水平进行全方位的分析研究，从而在不同的组学层次解读生命活动的规律与本质，从整体上解释生物学问题，全面探究生物体疾病机理、胁迫机制，精确研究重要基因的表达模式和调控机理。
联合分析优势
l 转录组与蛋白质组学数据互补，可以对特定状态下生物体中mRNA和蛋白质表达水平进行全方位分析；
l 通过对数据的深层分析，挖掘差异基因或差异蛋白，寻找并验证某些重要的调控通路；
l 对于那些蛋白数据库缺乏或注释不全的物种，通过转录组数据构建蛋白质搜索库，可大幅度提高蛋白质鉴定数与质量。
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